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Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-フルオレン-9-イルメトキシ)カルボニル]-O-tert-ブチル-D-セリン) は、非天然アミノ酸 D-セリンの N-Fmoc 保護、O-tert-ブチル保護誘導体です。この構造は、α-アミノ基に結合した 9-フルオレニルメチルオキシカルボニル (Fmoc) 基と、側鎖ヒドロキシルを保護する酸不安定性 tert-ブチル エーテル (tBu) 基で構成されます。この直交する保護スキーム（アミン上の塩基不安定性 Fmoc、側鎖上の酸不安定性 tBu）は、Fmoc 固相ペプチド合成 (SPPS) におけるその役割の基本です。

Fmoc-Gly-Gly-OH は、アミド結合を介して 2 番目のグリシンに結合した Fmoc 保護グリシン残基を特徴とするジペプチド誘導体で、構造式 Fmoc-NH-CH2-CO-NH-CH2-COOH になります。グリシンはアキラルであるため、この分子にはキラル中心が含まれません。ジペプチド主鎖は柔軟性が高いため、Fmoc-Gly-Gly-OH はペプチドベースのリンカーを構築するための理想的な構成要素となります。

Fmoc-Asp(OtBu)-OH は、側鎖 β-カルボキシル基に tert-ブチル (OtBu) 保護基を備えた Fmoc 保護 L-アスパラギン酸誘導体です。構造的には、この分子は、固相ペプチド合成 (SPPS) の標準的な塩基不安定性保護基である 9-フルオレニルメトキシカルボニル (Fmoc) 基で保護された一級アミンを持つ L-アスパラギン酸コアと、tert-ブチルエステルとして保護された側鎖カルボン酸で構成されています。

Fmoc-D-Leu-OH (N-[(9H-フルオレン-9-イルメトキシ)カルボニル]-D-ロイシン) は、必須分岐鎖アミノ酸 L-ロイシンの非天然鏡像異性体である D-ロイシンの N-Fmoc 保護形態です。この分子構造は、9-フルオレニルメチルオキシカルボニル (Fmoc) 基が D-ロイシンの α-アミノ基に結合しているのが特徴ですが、カルボン酸はペプチド結合形成のために遊離したままです。

Fmoc-Dab(Boc)-OH (N-[(9H-フルオレン-9-イルメトキシ)カルボニル]-N’-tert-ブトキシカルボニル-L-2,4-ジアミノ酪酸) は、非タンパク質生成性アミノ酸 L-2,4-ジアミノ酪酸 (Dab) の直交保護された誘導体です。この構造は、α-アミンを保護する塩基不安定性 9-フルオレニルメチルオキシカルボニル (Fmoc) 基と、γ-アミン側鎖を保護する酸不安定性 tert-ブトキシカルボニル (Boc) 基で構成されます。この直交保護スキーム (α-アミンの Fmoc と γ-アミンの Boc) により、単一のアミノ酸ビルディング ブロック内の 2 つの異なるアミン位置の選択的で連続的な脱保護と官能化が可能になります。

Fmoc-Thi-OH は、側鎖としてチオフェン複素環を特徴とする Fmoc 保護された非天然アミノ酸です。構造的には、この分子は、α-アミノ官能基を保護するフルオレニルメチルオキシカルボニル (Fmoc) 基、中央のアラニン由来のキラル中心、および β 位の 2-チエニル基で構成されています。チオフェン環は、フェニルアラニン ベンゼン環の硫黄含有芳香族生物学的等価体として機能し、同様の電子特性を提供しますが、異なる分極性と水素結合特性を備えています。