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Fmoc-Glu-OAll (N-α-Fmoc-L-グルタミン酸 α-アリル エステル、IUPAC: (4S)-4-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-5-プロパ-2-エノキシペンタン酸) は、直交的に保護されたグルタミン酸誘導体であり、塩基不安定性 Fmoc 基を保持しています。 α-アミノ末端とアリル エステル (OAll) が α-カルボキシル基を保護しますが、側鎖の γ-カルボキシルは遊離カルボン酸のままです。

Fmoc-Asp(OAll)-OH (N-α-Fmoc-L-アスパラギン酸 α-アリル エステル、IUPAC: (2S)-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)-4-オキソ-4-プロパ-2-エノキシブタン酸) は、2 つの異なる保護戦略を特徴とする直交的に保護されたアスパラギン酸誘導体です。 α-アミノ末端を保護する(9-フルオレニルメトキシカルボニル)基と、α-カルボキシル基を保護するアリルエステル(OAll)。

Fmoc-D-Ser(tBu)-OH (N-[(9H-フルオレン-9-イルメトキシ)カルボニル]-O-tert-ブチル-D-セリン) は、非天然アミノ酸 D-セリンの N-Fmoc 保護、O-tert-ブチル保護誘導体です。この構造は、α-アミノ基に結合した 9-フルオレニルメチルオキシカルボニル (Fmoc) 基と、側鎖ヒドロキシルを保護する酸不安定性 tert-ブチル エーテル (tBu) 基で構成されます。この直交する保護スキーム（アミン上の塩基不安定性 Fmoc、側鎖上の酸不安定性 tBu）は、Fmoc 固相ペプチド合成 (SPPS) におけるその役割の基本です。

Fmoc-Gly-Gly-OH は、アミド結合を介して 2 番目のグリシンに結合した Fmoc 保護グリシン残基を特徴とするジペプチド誘導体で、構造式 Fmoc-NH-CH2-CO-NH-CH2-COOH になります。グリシンはアキラルであるため、この分子にはキラル中心が含まれません。ジペプチド主鎖は柔軟性が高いため、Fmoc-Gly-Gly-OH はペプチドベースのリンカーを構築するための理想的な構成要素となります。

Fmoc-Asp(OtBu)-OH は、側鎖 β-カルボキシル基に tert-ブチル (OtBu) 保護基を備えた Fmoc 保護 L-アスパラギン酸誘導体です。構造的には、この分子は、固相ペプチド合成 (SPPS) の標準的な塩基不安定性保護基である 9-フルオレニルメトキシカルボニル (Fmoc) 基で保護された一級アミンを持つ L-アスパラギン酸コアと、tert-ブチルエステルとして保護された側鎖カルボン酸で構成されています。

Fmoc-D-Leu-OH (N-[(9H-フルオレン-9-イルメトキシ)カルボニル]-D-ロイシン) は、必須分岐鎖アミノ酸 L-ロイシンの非天然鏡像異性体である D-ロイシンの N-Fmoc 保護形態です。この分子構造は、9-フルオレニルメチルオキシカルボニル (Fmoc) 基が D-ロイシンの α-アミノ基に結合しているのが特徴ですが、カルボン酸はペプチド結合形成のために遊離したままです。