ベダキリンのユニークかつ特異的な抗結核 (TB) 標的は、結核菌 ATP シンターゼのプロトン ポンプです。 ATP シンターゼは、結核菌における ATP 合成の重要な酵素です。 ATP 合成酵素のオリゴマーとリポタンパク質サブユニット c がベダキリンに結合すると、ATP 合成が阻害され、細菌の死につながります。既存の抗結核薬と比較して、ベダキリンは新しい抗結核メカニズムを示し、現在の結核薬との交差耐性を誘発しません。 ATP合成酵素のサブユニットcをコードする遺伝子配列はatpEと呼ばれ、そのアミノ酸配列は高度に保存されている。結核菌におけるベダキリンに対する耐性は、atpE 遺伝子の 63 位または 66 位の変異によって生じ、ATP シンターゼ c サブユニットに対するベダキリンの結合親和性が損なわれます。