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2'-F-dU ホスホラミダイト (DMT-2'-F-dU ホスホラミダイトとも呼ばれます、CAS 146954-75-8) は、デオキシリボース糖上の 2'-フルオロ (2'-F) 置換を特徴とする化学的に修飾されたデオキシウリジン ホスホラミダイト モノマーです。 5'-O-ジメトキシトリチル (DMT) 保護基、および 3'-位に β-シアノエチル (CE) ホスホラミダイト。ウリジン塩基は（シチジンやアデノシンとは異なり）環外アミン保護基を持たずに存在するため、この修飾を含むオリゴヌクレオチドの合成と脱保護が簡素化されます。 2'-フルオロ修飾は、オリゴヌクレオチド治療薬におけるヌクレアーゼ耐性と熱安定性を高めるための最も強力な化学修飾の 1 つです。 2' 位の電気陰性度の高いフッ素原子は糖を C3' エンド (RNA 様) 構造に固定し、相補的な RNA 標的にしっかりと結合できるようにオリゴヌクレオチド骨格を事前に組織化します。 2'-F-dU ホスホロアミダイトは、siRNA、アンチセンス オリゴヌクレオチド (ASO)、およびアプタマーの合成に広く使用されており、特にチミン様塩基が必要だがアデノシンへの結合親和性が強化されている場合に使用されます。

1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン (塩化物塩) は、一般に DOTAP 塩化物と呼ばれ、核酸送達におけるその役割が広く知られているカチオン性脂質です。構造的には、この分子は、永久的な正電荷を持つ第 4 級アンモニウム頭部基、それぞれ 1 つのシス二重結合を含む 2 本の炭素数 18 のオレオイル (C18:1) 鎖、および全体の電荷のバランスをとる塩化物対イオンを特徴としています。不飽和脂肪酸の尾部はアシル鎖にねじれを導入し、膜の流動性を高め、細胞膜とのリポソーム融合を促進します。 1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパンの塩化物塩の形態（塩化物塩）は、難溶性のヨウ化物塩の形態とは異なり、塩化物対イオンが水溶性と生理的条件への適合性を保証するため、生物学的用途に好ましい製剤です。永久陽イオン電荷と柔軟な不飽和尾部のこの組み合わせにより、1,2-ジオレオイル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン (塩化物塩) は、遺伝子送達アプリケーション用のリポソームおよび脂質ナノ粒子 (LNP) を配合するための非常に効果的な構成要素になります。

Bz-rC ホスホラミダイト (DMT-2'-O-TBDMS-rC(Bz) ホスホラミダイト、CAS 118380-84-0 とも呼ばれます) は、固相 RNA 合成に使用される標準的なリボヌクレオシド ホスホラミダイト モノマーです。この分子は、リボース糖上の 2'-O-TBDMS (tert-ブチルジメチルシリル) 保護基、シトシン塩基上の N4-ベンゾイル (Bz) 環外アミン保護基、5'-ヒドロキシル位の 5'-O-ジメトキシトリチル (DMT) 保護基、および β-シアノエチル (CE) を特徴としています。 3'位のホスホラミダイト官能基。 N4-ベンゾイル基は、シトシン環外アミンの最も広く使用されている保護戦略の 1 つであり、オリゴヌクレオチド鎖の構築中に望ましくないアシル化や分岐反応に対して強力な保護を提供します。 2'-O-TBDMS 基は、RNA 合成における 2'-ヒドロキシルの古典的な保護基であり、脱保護時の優れた選択性と標準的な固相合成サイクルとの適合性を提供します。 Bz-rC ホスホラミダイトは、構造生物学から RNA 治療に至るまでの用途で、合成 RNA オリゴヌクレオチドへのシチジン残基の高忠実度の組み込みを必要とする研究者にとって最適なビルディング ブロックです。

2'-O-メチル-rA(N-Bz) ホスホラミダイト (DMT-2'-O-メチル-rA(Bz) ホスホラミダイト、CAS 110782-31-5 とも呼ばれます) は、N6-ベンゾイル (Bz) 環外基であるリボース糖上の 2'-O-メチル修飾を特徴とする化学修飾されたリボヌクレオシド ホスホラミダイト モノマーです。アデニン塩基上のアミン保護基、および 5'-ヒドロキシル位に標準的な 5'-O-ジメトキシトリチル (DMT) 保護基、3' 位に β-シアノエチル (CE) ホスホラミダイト官能基を備えています。 2'-O-メチル修飾は、オリゴヌクレオチド化学において最も広範囲に特徴づけられ、広く採用されている糖修飾の 1 つです。この置換により、相補的な RNA 鎖で形成される二重鎖の熱安定性が向上し、ワトソン・クリック塩基対の特性を変えることなく、ヌクレアーゼ媒介分解に対する顕著な耐性が与えられます。 2' 位のメトキシ基と結合した剛性の二環式アデノシン足場は、糖を C3' エンド (RNA 様) 構造に固定し、標的 RNA 配列への最適なハイブリダイゼーションのためにオリゴヌクレオチド骨格を事前に組織化します。アデニン塩基の N6 位のベンゾイル保護基は、固相オリゴヌクレオチド合成中に望ましくない副反応に対して強力な保護を提供し、5'-O-DMT 基により、逆相クロマトグラフィーまたはトリチレンカートリッジによる容易な精製が可能になります。したがって、2'-O-メチル-rA(N-Bz) ホスホラミダイトは、RNA、siRNA、アンチセンス オリゴヌクレオチド (ASO)、アプタマー、およびその他の化学修飾された核酸治療薬に部位特異的な 2'-O-メチルアデノシン修飾を導入しようとしている研究者にとって最適なビルディング ブロックです。

生成物は 2'-OMe-U ホスホロアミダイト (5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-O-メチルウリジン-3'-O-[(2-シアノエチル)-(N,N-ジイソプロピル)]-ホスホロアミダイト) です。これは、ウリジン リボース糖の 2'-ヒドロキシル上の水素がメチル基に置き換わった修飾 RNA ホスホラミダイトです。この一見マイナーな 2'-O-メチル (2'-OMe) 修飾は、ヌクレオチドの特性を劇的に変化させます。ヌクレアーゼ分解に対するオリゴヌクレオチドの耐性を高め、免疫刺激を減少させ、相補的 RNA への結合親和性を高めます。 2'-OMe-U ホスホラミダイトは、固相合成中に RNA 配列にこの有益な修飾を導入するための標準試薬です。

5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-N4-ベンゾイル-2'-デオキシ-5-メチルシチジン-3'-O-(O-2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルアミノ) ホスホルアミダイト (一般に DMT-dC(Bz,5-Me) ホスホルアミダイトと略称)、CAS 105931-57-5) は、N4-ベンゾイル保護基を持つ 5-メチルシトシン塩基、2'-デオキシリボース糖、5'-O-ジメトキシトリチル (DMT) 保護基、および β-シアノエチル ホスホルアミダイトを特徴とする修飾デオキシリボヌクレオシド ホスホルアミダイト モノマーです。 3'-位置。 5-メチルシトシン修飾は、エピジェネティック マーカー (CpG メチル化) として DNA に自然に発生し、ヌクレアーゼ耐性を強化し、結合親和性を調節するためにアンチセンス オリゴヌクレオチド (ASO) 化学でも広く使用されています。オリゴヌクレオチドに組み込まれると、5-メチルシトシン塩基は標準的なワトソン・クリック構造でグアニンと対になりますが、配列状況によっては特定の DNA メチルトランスフェラーゼの基質として認識されません。 5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-N4-ベンゾイル-2'-デオキシ-5-メチルシチジン-3'-O-(O-2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルアミノ) ホスホルアミダイトは、定義されたメチル化パターンを持つ CpG 含有オリゴヌクレオチドの合成、およびアンチセンス薬の重要な構成要素です。 5-メチル基は免疫刺激を軽減し、二本鎖の熱安定性を高めます。